No Universo Marvel, a Guerra Civil foi uma reação dos super-heróis que tiveram que tomar partido sobre a nova Lei de Registro de Super-Humanos, este obrigava todos os super-heróis a entregarem sua identidade e se tornarem agentes do governo norte-americano. O Homem de Ferro se colocou do lado da nova política e enfrenta a oposição liderada pelo Capitão América. Os inimigos que você irá combater e as missões que deve cumprir, dependem do lado que você escolherá. São 24 personagens selecionáveis, enfrentando uma série de desafios que permitem ataques em conjunto, onde os heróis podem combinar seus golpes especiais gerando ataques ainda mais poderosos. Há ainda um modo multiplayer para até quatro jogadores on-line e off-line.